Antes de la llegada de los europeos, el oeste de Long Island estaba habitado por pueblos de lengua lenape, entre ellos los canarsee. En el siglo XVII colonos neerlandeses fundaron aquí aldeas agrícolas, entre ellas Breuckelen, nombrada por una localidad de los Países Bajos.
Las comunidades de lengua lenape del oeste de Long Island vivían según el ritmo de las estaciones: pescaban y recolectaban mariscos a lo largo de las bahías, cultivaban maíz, frijoles y calabaza, y cazaban en el interior. Los nombres Canarsie y Gowanus provienen de esa herencia, y varias de las principales carreteras del condado siguen antiguos senderos indígenas. Los colonos holandeses empezaron a llegar en las décadas de 1620 y 1630, y la aldea de Breuckelen recibió su carta de fundación en 1646.
La agricultura dominó la época colonial, y los terratenientes holandeses y, más tarde, británicos dependieron en gran medida de mano de obra esclavizada; la prosperidad temprana de Brooklyn es inseparable de esa historia. La esclavitud se abolió en el estado de Nueva York por etapas, con la emancipación total en 1827, y en las décadas siguientes se formaron comunidades negras libres como Weeksville.