El NYC Ferry navega por el East River y conecta embarcaderos del frente marítimo de Brooklyn, como Williamsburg, Greenpoint, DUMBO, Brooklyn Navy Yard y Atlantic Avenue, con Manhattan, Queens y otras paradas, y sus rutas del sur dan servicio a Red Hook, Sunset Park y Bay Ridge. El viaje es una alternativa panorámica y relajada al metro; conviene consultar ferry.nyc para conocer las rutas y tarifas actuales.
La terminal Atlantic Terminal del Long Island Rail Road, junto a Barclays Center, ofrece trenes rápidos a la estación de Jamaica, en Queens, donde se puede hacer transbordo para Long Island y para el AirTrain al aeropuerto JFK. Algunas otras estaciones del LIRR, como Nostrand Avenue y East New York, también dan servicio a Brooklyn.
Brooklyn está unido a Manhattan por los puentes de Brooklyn, Manhattan y Williamsburg y por el túnel Brooklyn–Battery, y a Staten Island por el puente Verrazzano-Narrows. Los puentes de Brooklyn, Manhattan y Williamsburg tienen pasos para peatones y bicicletas, y cruzar a pie el puente de Brooklyn es una de las experiencias clásicas de la ciudad.