El metro es la columna vertebral del transporte de Brooklyn y funciona las veinticuatro horas. La mayoría de los barrios del condado tiene una estación a poca distancia a pie, y las líneas A, C, F, G, J, L, M, N, Q, R y Z y los trenes 2, 3, 4 y 5 conectan Brooklyn con Manhattan y entre sí. Los trenes B y D también recorren partes del condado, y el servicio S une Franklin Avenue con Prospect Park.
Se puede pagar acercando una tarjeta sin contacto, el teléfono o una tarjeta OMNY a los torniquetes y a los lectores de los autobuses, y el sistema de tarifas limita algunos costes semanales, así que conviene consultar mta.info para conocer las normas y los precios vigentes. Los transbordos entre metro y autobús están incluidos dentro de un plazo determinado.
Los autobuses cubren los espacios entre las líneas de metro y suelen ser la mejor forma de cruzar el condado de este a oeste. Algunas rutas, como la B44 por Nostrand Avenue, funcionan como Select Bus Service, con pago fuera del vehículo y menos paradas. Los cambios de servicio en fines de semana y por la noche son frecuentes; conviene usar la aplicación de la MTA o un planificador de viajes y revisar los avisos de servicio.
No todas las estaciones tienen ascensor, así que, quien viaje con silla de ruedas, cochecito o equipaje pesado, debe revisar la lista de estaciones accesibles antes de planificar la ruta. La MTA también ofrece el servicio Access-A-Ride para los usuarios que cumplan los requisitos.