Avant l’arrivée des Européens, l’ouest de Long Island abritait des peuples de langue lenape, dont les Canarsee. Au XVIIe siècle, des colons néerlandais y fondèrent des villages agricoles, dont Breuckelen, nommé d’après une ville des Pays-Bas.
Les communautés lenapes de l’ouest de Long Island vivaient au rythme des saisons : elles pêchaient et ramassaient des coquillages le long des baies, cultivaient le maïs, les haricots et les courges, et chassaient à l’intérieur des terres. Les noms de Canarsie et de Gowanus viennent de cet héritage, et plusieurs des grandes routes de l’arrondissement suivent d’anciens sentiers amérindiens. Les colons néerlandais ont commencé à arriver dans les années 1620 et 1630, et le village de Breuckelen a reçu sa charte en 1646.
L’agriculture dominait la période coloniale, et les propriétaires néerlandais puis britanniques recouraient massivement au travail d’esclaves ; la prospérité des débuts de Brooklyn est indissociable de cette histoire. L’esclavage a été aboli par étapes dans l’État de New York, avec l’émancipation complète en 1827, et des communautés noires libres comme Weeksville se sont formées au cours des décennies suivantes.