Le NYC Ferry circule sur l’East River et relie les embarcadères du front de mer de Brooklyn, comme Williamsburg, Greenpoint, DUMBO, Brooklyn Navy Yard et Atlantic Avenue, à Manhattan, au Queens et à d’autres arrêts, tandis que ses lignes du sud desservent Red Hook, Sunset Park et Bay Ridge. La traversée est une alternative pittoresque et détendue au métro ; consultez ferry.nyc pour connaître les lignes et les tarifs actuels.
La gare d’Atlantic Terminal du Long Island Rail Road, à côté de Barclays Center, propose des trains rapides vers la gare de Jamaica, dans le Queens, où l’on peut changer pour Long Island et pour l’AirTrain vers l’aéroport JFK. Quelques autres gares du LIRR, comme Nostrand Avenue et East New York, desservent aussi Brooklyn.
Brooklyn est reliée à Manhattan par le Brooklyn Bridge, le Manhattan Bridge et le Williamsburg Bridge ainsi que par le Brooklyn–Battery Tunnel, et à Staten Island par le Verrazzano-Narrows Bridge. Le Brooklyn Bridge, le Manhattan Bridge et le Williamsburg Bridge disposent tous de voies piétonnes et cyclables, et traverser le Brooklyn Bridge à pied est l’une des expériences classiques de la ville.